Le Centre de recherche français à Jérusalem est un établissement de recherche sous tutelle du Ministère des Affaires Étrangères et du Développement international  – MAEDI (Direction générale de la mondialisation, Direction des politiques de mobilité et d’attractivité, Sous-direction des échanges scientifiques et de la recherche) et du Centre National de la Recherche Scientifique – CNRS. Il a le statut d’« Unité mixte des Instituts français de recherche à l’étranger » (UMIFRE n° 7 CNRS – MAEDI). C’est aussi une Unité de service et de recherche du CNRS (USR 3132).

Le CRFJ fait partie intégrante du réseau des Centres et Instituts de recherche français à l’étranger (IFRE), animé par la Direction générale de la mondialisation,du développement et des partenariats, DGM, du ministère des Affaires étrangères et et du Développement international. Le fonctionnement de ces établissements est précisé par l’accord interministériel du 5 décembre 2000 et l’avenant de février 2003. Ces accords prévoient que les activités scientifiques du CRFJ se développent conformément aux missions qui sont celles d’un laboratoire associé au CNRS.
En application de ces dispositions, le directeur du CRFJ est nommé par le MAEDI. Il est en même temps directeur de l’unité CNRS, USR 3132.