Le Centre de recherche français à Jérusalem est un établissement de recherche sous tutelle du Ministère de l’Europe et des Affaires étrangères – MEAE, et du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Il a le statut d’« Unité mixte des Instituts français de recherche à l’étranger » (UMIFRE n° 7 CNRS – MEAE). C’est aussi une Unité de service et de recherche du CNRS (USR 3132).

Le CRFJ fait partie du réseau des Centres et Instituts de recherche français à l’étranger (IFRE), animé par la Direction générale de la mondialisation, de la culture, de l’enseignement et du développement international et des partenariats (DGM), du MEAE. Le fonctionnement de ces établissements est précisé par un accord interministériel du 5 décembre 2000, régulièrement mis à jour. Cet accord prévoit que les activités scientifiques du CRFJ se développent conformément aux missions qui sont celles d’un laboratoire associé au CNRS.