Centre de recherche dans le domaine des SHS, les programmes du CRFJ s’articulent autour de quatre axes

Centre de coopération, il initie, développe, encourage et soutient des programmes en partenariat avec des institutions françaises et européennes, israéliennes, palestiniennes et méditerranéennes

Centre d’accueil, il offre les moyens à des chercheurs institutionnels de poursuivre leurs travaux dans le cadre de missions courtes ou sur des périodes plus longues (2-4 ans)

Centre de formation, il accueille et encadre des doctorants / post-doctorants boursiers et stagiaires

Centre de diffusion du savoir, il héberge des conférences mensuelles, des ateliers et  des colloques internationaux. Ses travaux sont publiés en ligne dans son Bulletin annuel français/anglais, ainsi que dans une collection archéologique chez De Boccard Paris